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Carlos Linneo, basó su sistema de clasificación en similitudes en la estructura del cuerpo. Por ejemplo, consideró que un murciélago era mamífero porque tenía muchas similitudes estructurales con otros mamíferos. El mero hecho de que tuviera alas no lo calificaba para ser un pájaro. Otra evidencia demuestra que, a pesar de que los murciélagos tienen alas, son mamíferos y no pájaros.

El trabajo de Linneo en taxonomía se hizo más de un sigjo antes que los trabajos de Darwin o Mendel. Después que Darwin presentó su Teoría de la Evolución, los científicos vieron las diferencias y similitudes en los organismos como productos de la evolución. Hoy, el énfasis mayor de la taxonomía es el estudio de las relaciones evolutivas.

La clasificación de una especie está basada en la historia evolutiva de esa especie. Por ejemplo, en una época, los conejos y las ardillas estaban clasificados como roedores. El estudio de fósiles primitivos de conejos demuestra que evolucionaron de un antecesor diferente al antecesor de los roedores. Por esta razón, ahora los conejos se clasifican en un grupo separado de los roedores.

Muchas de las ideas que apoyan la Teoría de la Evolución dan una base útil para clasificar un organismo como una especie en particular. Hoy, los taxónomos que clasifican los organismos los estudian de diversas maneras:

1. Se estudia la estructura general del organismo para tratar de encontrar estructuras homologas. Recuerda que las estructuras homologas son estructuras que tienen una similitud básica y se han desarrollado en organismos que pueden haber tenido un antecesor común. Por ejemplo, las alas de un pájaro y la pata de una tortuga son estructuras homologas.
2. Se estudia el ciclo de vida de la especie para buscar un parecido biológico con otros grupos de organismos.
3. Se estudia el registro fósil, si está disponible, para mostrar las relaciones entre organismos a través del tiempo.
4. Se determina el grado de parecido bioquímico entre las especies. El orden de aminoácidos en proteínas similares es diferente de una especie a otra. Las similitudes en el orden de aminoácidos de ciertas proteínas pueden ayudara determinar cómo clasificar los organismos.
5. Se estudia el parecido genético entre los cromosomas de diferentes especies. La información sobre este parecido puede dar claves muy importantes para la clasificación. Se pueden encontrar relaciones entre diferentes especies estudiando y comparando segmentos de:
6. DNA. Mientras más parecido sea el orden de las bases de los nucleótidos, más estrechamente relacionadas están las especies.